Výběr témat semináře souvisí s hlavními poznávacími možnostmi archeologie středověku, jakož i s aktuálními otázkami oboru.
K tématům, která zůstávají dlouhodobou programovou součástí proto patří: postup osídlování českých zemí, počátky elity, christianizace a její archeologický odraz, rané etapy státu, teritorializace pozemkové šlechty, proměna českých zemí ve 13. (14.) století, každodenní život v městském prostředí, změny hmotné kultury v 16. stol. atd.
Program semináře zároveň zahrnuje problematiku archeologické památkové péče, vztah mezi archeologií a veřejností apod.
Diskuse o daných tématech se soustřeďuje na smysl zvolených otázek, na podstatu poznávacích kroků, na konstrukci argumentů a protiargumentů, na vztah archeologické výpovědi k dalším druhům historického svědectví.
Konkrétní semestrální program tvoří problémové bloky stanovené se zřetelem k aktuální problematice archeologie středověku a k povaze zadaných studentských prací.
Seminář pro archeologii středověku se zaměřuje na vybraná problémově pojatá témata archeologie 6.-16. století, řešená v rámci českých zemí i v širším evropském kontextu.