Patologická fyziologie se zabývá studiem příčin nemocí a mechanismy jejich rozvoje (etiopatogenezí), a to jak ve spojení s výzkumem, tak v návaznosti na jejich praktické využití v klinické praxi. V oblasti výuky se snaží o vysvětlení a pochopení mechanismů podmiňujících vznik a průběh nemoci tak, aby z nich vyplynula základní symptomatologie a racionální diagnostika a terapie.
Zabývá se studiem poruch jednotlivých orgánových systémů, přičemž má výrazně integrující charakter, umožňující propojení znalostí i z ostatních teoretických oborů. Je proto základním preklinickým oborem.
Z hlediska zubního lékařství se orientuje na patogenetické mechanismy, které mají vztah k problematice dutiny ústní, a na další funkce, které mohou být dotčeny nebo mohou být ovlivněny během zákroků v zubním lékařství prováděných. Patofyziologie vysvětluje poruchy funkcí jako příčiny a důsledky nemocí.
Výsledkem je porozumění symptomům a racionální přístup k diagnostice a léčbě.