Syllabus
Sekvenační techniky nukleových kyselin ovlivňují řadu medicínských oborů, mikrobiologii nevyjímaje. V rámci předmětu budou shrnuty možnosti sekvenace DNA a RNA, počínaje sekvenováním první generace až po sekvenace dlouhých fragmentů DNA.
Studenti budou mít možnost se s těmito technikami seznámit i prakticky. Důraz bude věnován především celogenomové sekvenaci mikrobiálního genomu (bakterie, viry, mikromycety), včetně analýz mobilních genetických elementů (především plazmidů).
Posluchači budou seznámeni s možnostmi bioinformatické analýzy dat, včetně různých softwarových nástrojů.
Annotation
Kurz povede k rozvoji znalostí v oblasti moderních sekvenačních technik, tj. celogenomové sekvenaci na různých platformách (2., 3. generace). Rovněž se bude věnovat sekvenaci RNA s cílem stanovení exprese proteinů.
Nedílnou součástí analýzy dat jsou i bioinformatické přístupy. Kurz se uskutečňuje jedenkrát za rok v anglickém jazyce. Zápočet je udělen za účast.