Sylabus
1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury o UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus o citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley) o impakt faktor, H-index, predátorské časopisy 2.-4.
Proteiny o proteinové databáze a vyhledávání sekvencí o formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi o vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků o porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů 5.-9. Nukleové kyseliny o databáze DNA sekvencí o analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico o návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze) o hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce 10.
Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů 11. mikroRNA databáze - vyhledávání sekvencí, vyhledávání cílových genů 12. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.
Anotace
Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací.
Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.