Sylabus
Přednášky:
1. Úvod do proteomiky
2. Separační metody používané v proteomice
3. Hmotnostní spektrometrie v proteomice
4. Interpretace hmotnostních spekter biomolekul
5. Kvantitativní proteomická analýza
6. Farmakoproteomika, možné uplatnění proteomiky v klinické praxi, HUPO projekt
7. Bioinformatické nástroje v proteomice Semináře a praktická cvičení: Strategie přípravy biologického vzorku pro proteomovou analýzu Štěpení proteinů v roztoku, příprava vzorků LC-MS analýzy a LC-MS analýza Práce s internetovými databázemi, bioinformatika, interpretace MS/MS spekter a identifikace proteinů
Anotace
Předmět proteomika je zaměřený na klasické a pokročilé metody analýzy proteinů a jejich aplikace do různých vědeckých a klinických odvětví. V rámci přednášek a seminářů se studenti seznámí s principy analýzy proteinů včetně přípravy vzorků a vyhodnocování získaných dat.
Součástí předmětu jsou praktická cvičení, kde si studenti vyzkouší všechny kroky proteomického experimentu, tzn. základní přípravu vzorku, jejich analýzu pomocí kapalinové chromatografie online spojené s hmotnostní spektrometrií a vyhodnocení naměřených dat pomocí bioinformatických nástrojů.