V rámci tohoto předmětu jsou probírány následující skupiny organických sloučenin:
Uhlovodíky
Halogenderiváty
Alkoholy, fenoly, ethery
Dusíkaté sloučeniny
Sloučeniny síry
Karbonylové sloučeniny
Karboxylové kyseliny a jejich deriváty
Předmět Organická chemie II navazuje na předmět Organická chemie I a poskytuje teoretické základy pro další navazující chemické disciplíny. Tento předmět prohlubuje a rozšiřuje znalosti týkající se jednotlivých skupin organických sloučenin a jejich reaktivity.