Organická syntéza navazuje na pregraduální kursy základní organické chemie (Organická chemie I a II), orientované na vlastnosti látek a interkonverze funkčních skupin, a na postgraduální kurs Organická chemie. Cílem předmětu je seznámit studenty se základy designu syntéz komplexnějších organických molekul na základě principů retrosyntézy (rozpojení strategických vazeb).
Pozornost je věnována výstavbě uhlíkatého skeletu důležitých typů bioaktivních molekul, především heterocyklů a nízkomolekulárních přírodních látek. Dále jsou prohlubovány znalosti o moderních přístupech ke tvorbě vazby C-C, založených na katalýze tranzitními kovy a organokatalýze.