Cílem předmětu bioorganická chemie je rozšířit znalosti doktorandů v oblasti interakce léčiv s přírodními látkami a možnosti ovlivnění těchto interakcí pomocí modifikace struktury léčiva. Součástí předmětu bioorganická chemie jsou dvě oblasti: chemie přírodních látek (bílkoviny, sacharidy, nukleové kyseliny a lipidy) a vývoj léčiv a jejich chování v organismu (např. optimalizace struktury léčiva, osud léčiva v organismu, fyzikálně-chemické vlastnosti léčiva a nekovalentní interakce uplatňující se při interakci léčiv s přírodními látkami).