Specializační doktorský seminář je společný pro více studentů se shodnou nebo podobnou specializací (tj. studijním zaměřením ISP).
Možné specializace jsou následující:
Metafyzika
Politická filosofie
Etika
Dějiny filosofie
Účast na seminářích je povinná. Harmonogram výuky jednotlivých seminářů určuje vyučující na začátku semestru.
Seminář poskytuje doktorandům prostor pro prohlubující studium filosofie, a to zejména prostřednictvím četby textů velkých autorů západní filosofické tradice. Seminář si zapisují studenti prezenčního a kombinovaného studia každý rok (vyjma období zahraniční stáže) a na konci každého semestru je zakončen zápočtem. Seminář se může konat formou několikadenního výjezdního soustředění.