Sylabus
Lesson 1: Základy práce ve FIJI
Lesson 2: Příprava obrazových dat pro analýzu
Lesson 3: Základní měření a segmentace obrazu
Lesson 4: Machine learning techniky a pokročilé zpracování a segmentace obrazu
Lesson 5: CLIJ GPU accelerovaná analýza, osobní přizpůsobení a nastavení FIJI
Lesson 6: Úvod do makro jazyka, skriptování a dávkového zpracování dat
Lesson 7: Základy programování, psaní skriptů v makro jazyce
Lesson 8: Psaní vlastních skriptů dávkového zpracování dat
Lesson 9: Kolokalizační analýza
Lesson 10: Zpracování obrazových dat z pokročilých mikroskopických technik
Lesson 11: Zapojení FIJI v rozsáhlejších workflow, použití ve výpočetním klastru
Lesson 12: Prezentace studentských projektů
Anotace
Kurz poskytuje všeobecné pochopení užití open-source softwaru ImageJ pro analýzu vědeckých obrazů. Kurz pokrývá vše od základního ovládání až po pokročilé psaní vlastních skriptů.
Studenti se naučí vytvářet funkční pracovní postupy analýzy. Kurz je určený všem od úplných začátečníků až po středně pokročilé.
Kurz bude vyučován v hybridním módu při maximálním počtu 20 studentů v osobní přítomnosti a víceméně neomezeném počtu studentů online.