Genomické a diagnostické techniky

Sylabus

Součástí kurzu je den, kdy přednáší odborníci z laboratoří, kteří jsou specialisty pro jednotlivé obory (např. molekulární patolog, pracovník laboratoře pro prenatální testování, biotechnolog apod).   Sylabus

1. Pre-analytická a analytický fáze testování v klinické a výzkumné laboratoři:  Příprava vzorků pro testování biologických molekul (izolace buněčných subtypů, izolace DNA/RNA/miRNA, proteinů z různých vzorků (tkáně, tělní tekutiny, fixovaná tkáň). Kontrola kvality nukleových kyselin.

2. Práce se sekvencemi (genetické databáze, sestřihové varianty, navrhování primerů a navrhování experimentů).

3. Analýza genové exprese (real-time PCR se zaměřením se na absolutní, relativní kvantifikaci, next generation sequencing, microarrays).

4. Diagnostické metody  biomarker prognostický, prediktivní v klinických studiích - na příkladu tekuté biopsie- cirkulujících nádorových buněk, volné cirkulující DNA nádorové, volné cirkulující DNA v průběhu prenatálního testování  základy klinických studií pro testování biomarkerů  základy cytogenetiky (histochemie, imunohistochemie, FISH)  analýza mutací PCR, RFLP, multiplex ligation specific probe amplification (MLPA), sekvenace, next generation sequencing (NGS), miRNA, microarrays, digitální PCR  imunoanalýza proteinů (ELISA, western blotting, epispot)  epigenetická analýza: volná cirkulující DNA, metylace  základy genomiky a genomické analýzy: sekvenování, sekvenování nové generace a jeho implementace do klinické diagnostiky   Kurz probíhá v bloku a je založen na přednáškách a řešení případných praktických úkolů. Návštěva laboratoří včetně možnosti sekvenování (NGS) je nabízena studentům po domluvě.

Anotace

Předmět seznamuje studenty se základními diagnostickými technikami klinických a výzkumných laboratoří se zaměřením na nové genomické analýzy a inovativní postupy z tzv. translačního výzkumu. Součástí předmětu je taky část o personalizované medicíně a tzv. precizní medicíně.

Metodologické postupy zahrnují: pre-analytickou fázi testování (transport, příprava vzorků), analytickou fázi testování (izolace nukleových kyselin/RNA, DNA z různých typů tkání, stanovení čistoty a kvality připravených vzorků, kvantifikace genové exprese pomocí polymerázové řetězové reakce/PCR/, kvantitativní PCR v reálném čase /qPCR/, digitální PCR, analýza qPCR dat). Úvod do genomické analýzy zahrnuje: historii genomiky, genomické diagnostické metody, základy sekvenování a sekvenování nové generace. Součástí základu molekulární patologie jsou imunohistochemie, cytogenetika, komparativní genomová hybridizace - CGH, spektrální karotypování - SKY, fluorescenční in situ hybridizace FISH.