Syllabus
Součástí kurzu je den, kdy přednáší odborníci z laboratoří, kteří jsou specialisty pro jednotlivé obory (např. molekulární patolog, pracovník laboratoře pro prenatální testování, biotechnolog apod). Sylabus
1. Pre-analytická a analytický fáze testování v klinické a výzkumné laboratoři: Příprava vzorků pro testování biologických molekul (izolace buněčných subtypů, izolace DNA/RNA/miRNA, proteinů z různých vzorků (tkáně, tělní tekutiny, fixovaná tkáň). Kontrola kvality nukleových kyselin.
2. Práce se sekvencemi (genetické databáze, sestřihové varianty, navrhování primerů a navrhování experimentů).
3. Analýza genové exprese (real-time PCR se zaměřením se na absolutní, relativní kvantifikaci, next generation sequencing, microarrays).
4. Diagnostické metody biomarker prognostický, prediktivní v klinických studiích - na příkladu tekuté biopsie- cirkulujících nádorových buněk, volné cirkulující DNA nádorové, volné cirkulující DNA v průběhu prenatálního testování základy klinických studií pro testování biomarkerů základy cytogenetiky (histochemie, imunohistochemie, FISH) analýza mutací PCR, RFLP, multiplex ligation specific probe amplification (MLPA), sekvenace, next generation sequencing (NGS), miRNA, microarrays, digitální PCR imunoanalýza proteinů (ELISA, western blotting, epispot) epigenetická analýza: volná cirkulující DNA, metylace základy genomiky a genomické analýzy: sekvenování, sekvenování nové generace a jeho implementace do klinické diagnostiky Kurz probíhá v bloku a je založen na přednáškách a řešení případných praktických úkolů. Návštěva laboratoří včetně možnosti sekvenování (NGS) je nabízena studentům po domluvě.
Annotation
Nucleic Acid Structure and Function. Chromosome structure and Function. Genetic Information Transfer. Human Genome Organisation and Expression. Mutation and Human DNA instability. Multigene Families and repeat sequences. Human DNA cloning. Molecular hybridization. Human Genome and evolution relationship.
References
J. D. Watson, M. Gilman, J. Witkowski, M. Zoller - Recombinant DNA. Scientific American Books, New York, 1997. W. B. Coleman, G. J. Tsongalis - Molecular Diagnostics. Humana Press, Totowa, New Jersey, 1997. R. A. Eeles, B. A. J. Ponder, D. F. Easton, A. Horwich - Genetic Predisposition to Cancer. Chapman and Hall Medical, Oxford, 1996.