Target enrichment v rostlinné systematice - praktické cvičení

Sylabus

1. Teoretická část A: target enrichment - princip metody, (ne)výhody metody - nejdůležitější články - diskuze - teorie laboratorního postupu - fylogenomika, genové stromy vs. druhový strom

2. Teoretická část B: vývoj sond - design prob pro enrichment - univerzální a skupinově specifické proby - software pro vývoj sond

3. Laboratorní část - příprava knihoven pomocí sonikace - délková selekce, kvantifikace a pooling - obohacení knihoven

4. Počítačové praktikum - práce s Hyb-Seq daty v prostředí MetaCentra - HybPhyloMaker - HybPiper   Předmět je vyučován v rámci projektu CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 s názvem ESF pro VŠ II na UK.

Anotace

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

Předmět je vyučován v rámci projektu CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 s názvem ESF pro VŠ II na UK.