Sylabus
Přehled témat (může být upraven podle požadavků účastníků, rychlosti apod.):
Základy práce v R – jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
Práce s Bioconductorem
Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
Stažení sekvencí z databáze
Extrakce SNP ze sekvenačních dat
Extrakce polymorfismu ze sekvencí
Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence, …
Alignment
Manipulace s daty, konverze mezi formáty
Tvorba distančních matic, import vlastních matic
Export dat
Základní statistiky
PCoA
Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
MSN
Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
Práce s celogenomovými SNP daty
DAPC
Prostorové analýzy – Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA, …
Základy tvorby map
Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
Phylogenetic independent contrast
Phylogenetic autocorrelation
Phylogenetic PCA
Ancestral state reconstruction
Další rozšiřující témata…
Prostor pro další speciální otázky účastníků, zápočty a konzultace vlastních dat účastníků bude zejména během posledního dne.
Anotace
R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.
Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.
Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat. Kurz je vhodný spíše pro magisterské a doktorské studenty, pro bakalářské jen jsou-li velmi pokročilí.
Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Kurz poběží turnusově 5 dnů, přičemž 4 dny poběží výuka a poslední den bude na zápočty a individuální konzultace. Tento poslední den účastníci mohou (což je vřele doporučeno), ale nemusí využít.
Kurz bude probíhat 29. 1.-2. 2. 2024 v Benátské 2 v učebně B12 od 9:00 do 16-17:00 (s dostatkem přestávek). Podle aktuální epidemiologické situace je možné, že kurz bude v hybridním módu (ne jen plně prezenčně) nebo plně on-line. Podrobnosti budou průběžně aktualizovány podle vývoje situace před kurzem.
Konzultace jsou možné kdykoliv po předchozí e-mailové domluvě.