Sylabus
*
1. den - úvod do problematiky, metody studia DNA, rozdíly mezi jednotlivými typy markerů - extrakce DNA z rostlinného materiálu (CTAB metoda, komerční kit) - čerstvý i vysušený materiál - elektroforéza, příprava agarosových minigelů, použití DNA ladderů (žebříčků) - práce s dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100 - stanovení koncentrace extrahované DNA pomocí UV spektrofotometru (Nanodrop), ředění DNA *
2. den - PCR amplifikace, příprava směsi pro reakci, metody optimalizace reakčních podmínek - zacházením s různými typy termocyclerů - vytváření nových programů, využití gradientového bloku pro optimalizaci PCR reakce - metoda PCR - optimalizace PCR amplifikace pomocí gradientového bloku - elektroforéza získaných PCR produktů a jejich visualizace - práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - stanovení přibližné délky získaných PCR produktů *
3. den - PCR amplifikace s použitím optimální teploty annealingu - štěpení získaných PCR produktů několika restrikčními enzymy, elektroforéza výsledku štěpení DNA *
4. den - dominantní molekulární markery a jejich vyhodnocování - teorie- analýza cvičných gelů, získávání matice dat- hodnocení binární matice - program FAMD- výpočty diverzity, PCoA, stromy, sítě, AMOVA - FAMD, AFLPdat, SplitsTree *
5. den - pokračování analýzy cvičných dat- Bayesovský modelový přístup - program STRUCTURE- vizualizace výsledků STRUCTURE analýzy - Structure-sum, Distruct
Anotace
Praktické seznámení s metodami molekulárních markerů v DNA laboratoři Katedry botaniky. Studenti se nejprve naučí extrahovat DNA z rostlinného materiálu a optimalizovat PCR reakci.
Ve druhé části si vyzkouší metodu PCR-RFLP na úsecích z chloroplastové DNA.