Sylabus
Block I: basic concepts in speciation and case study of a hybridization barrier, the triploid block · Week
1. Lecture: Introduction to speciation and hybridization barriers; no practical class. · Week
2. Lecture: Postzygotic barriers, Bayeson-Dobzhansky-Müller incompatibilities, genomic conflicts; no practical class. · Week
3. Lecture: Knowledge consolidation I: group work on the concept of species; 4 hours practical class: reminders on R. · Week
4. Lecture: Polyploid speciation, triploid block; no practical class. · Week
5. Lecture: Transcriptomics, a method to understand the functional basis of hybridization barriers; 4 hours practical class: Transcriptomics of a hybridization barrier, the triploid block. Block II: the population genomics of speciation, or how allele frequency changes lead to hybridization barriers · Week
6. Lecture: Methodologies and concepts in population genomics I; no practical class. · Week
7. Lecture: Methodologies and concepts in population genomics II; no practical class. · Week
8. Lecture: Knowledge consolidation II, essay writing on a case study: the population genomics of speciation by domestication; no practical class. · Week
9. Lecture: Genotype-phenotype associations, a method to discover speciation genes; 4 hours practical class: Hybrid necrosis in Capsella. Revealing the genetic basis using a QTL approach. Block III: gene flow, the other side of the speciation coin · Week
10. Lecture: Gene flow, the rule rather than the exception of speciation; no practical class. · Week
11. Lecture: Evolutionary consequences of gene flow between species: hybrid speciation, adaptive introgression; no practical class. · Week
12. Lecture: A method to detect gene flow; 4 hours practical class: Detecting gene flow between species.
Anotace
Jak vznikají nové druhy? Současné technologické pokroky umožňující sekvenovat kompletní genomy, charakterizovat transkriptomy a metabolomy nás k odpovědi na předchozí otázku velmi přiblížily. Tento technologický pokrok obohatil naše znalosti procesů, které vedou k adaptacím a diferenciaci populací. Kurs se zabývá teoretickými aspekty souvisejícími s adaptacemi, speciací a hybridizačními bariérami u živočichů a rostlin.
Studenti absolvují praktickou výuku moderních genomických analýz s tématikou adaptací a speciace zahrnující designování výzkumu, analýzy transkriptomu hybridních taxonů, QTL ke stanovení genetické podstaty hybridizačních bariér, skenování genomu. Pracovat se bude s upravenými daty z probíhajícího výzkumu. Výuka celéhu kurzu bude probíhat v angličtině.
Výstupy vzdělávání: Studenti budou schopni popsat hlavní evoluční mechanismy, které podmiňují adaptace a speciace, identifikovat genomické důsledky těchto mechanismů pomocí moderních technik, analyzovat data v prostředí R.