Sylabus
Předběžný harmonogram:
Block 1: Introduction to concepts and molecular mechanisms of epigenetics.
· Week 1 (6/10). General introduction to the content & learning outcomes of the course, practical information. [CLP]
· Week 2 (13/10). Lecture: Basic concept of epigenetics (genetic and epigenetic information; chromatin structure; main components of epigenetic information (introduction): histones, DNA methylation; basic principles of introducing (targeting) and erasing epigenetic information, mitotic inheritance). [LF].
· Week 3 (20/10). Lecture: Histone PT modifications (enzymes; interpretation – interactions; basic functions) [LF]
· Week 4 (27/10). Lecture: DNA methylation (enzymes - sequence contexts; RNA-directed DNA methylation; interpretation, basic functions) [LF].
· Week 4 (3/11). Recap on epigenetic mechanisms: Group work, discussion, presentations [CLP] + [IS].
· Week 5 (10/11). Lecture: Methodologies to study epigenetics/epigenomics (methylation analysis by restriction, methylation analysis by bisulfite conversion; ChIP; dCAS9-ChIP/MS) [LF].
Block 2: biological roles of epigenetic mechanisms
· Week 6 (17/11). Lecture: Epigenetics, stress response, priming [CLP].
· Week 7 (25/11). Lecture: Epigenetics and sexual reproduction [CLP].
Block 3: plant epigenetics and evolution
· Week 8 (1/12). Lecture: Evolutionary perspectives I. Epigenetics and natural variation [IS] + [CLP].
· Week 9 (8/12). Lecture: Evolutionary perspectives II. Transgenerational memory: meiotic heritability vs clonal transmission. Group work [CLP] + [IS].
· Week 10 (15/12). Lecture: Evolutionary perspectives III. Meiotic heritability: how good is the evidence. Essay feedback and presentations [CLP]. 12th of January 2023 (date to be confirmed): “Miniconference” day with 2-3 external experts: o Histone modifications: role in plant development [IM] o Epigenetics in evolution [CB] o Stress and breeding applications [SM]
Program of practical classes (16th-20th Jan; lab in Viničná 5, Prague 2) [VC] + [IS] + [CLP]:
· Searching for local histone modifications: Chromatin immunoprecipitation (ChIP), ChIP-PCR.
· Searching for DNA methylation silencing of a specific gene: Microscopy observation of reporter gene silencing, bisulfite conversion (BS) of DNA, BS-PCR, Sanger sequencing.
· Profiling epigenetic marks across the genome: Epigenomics: BS-Seq analysis, ChIP-Seq analysis.
Anotace
Tento kurz se bude konat v angličtině. Po hlavních vědeckých pokrokech v epigenetice během posledního desetiletí je nyní jasné, že epigenetika mechanismy hrají důležitou roli v regulaci genů, integritě genomu, fenotypové plasticitě, reprodukci a rovnoměrný vývoj se stabilním přenosem určitých epigenetických značek po generace. Tato role se zdá být sudá zhoršuje se v rostlinách, přisedlých organismech, které nemohou uniknout změnám prostředí a stresům, a proto vyvinuly molekulární mechanismy, aby se s těmito omezeními vyrovnaly. Cílem tohoto kurzu je poskytnout aktuální
- znalost epigenetiky rostlin, její role v regulaci genů, umlčení transponovatelných prvků, stresová reakce a jeho stabilní přenos mitózou a dokonce meiozou. Bude zahrnovat teoretické přednášky interní a externí
Odborníci. Praktické kurzy budou založeny na výzkumných případech a budou zahrnovat biochemii, molekulární biologii a bioinformatika.