Fylogenetické metody

Sylabus

Kladistika (parsimonická analýza):

Monofyletické, parafyletické a polyfyletické skupiny; sesterské skupiny a mimoskupinové porovnanie; polarizácia znakov; optimalizácia znakov; pravidlá kladistiky; kódovanie znakov.

Typy parsimónie; Hennigova metóda; Wagnerov algoritmus.

Porovnanie stromov; konsistenčný a retenčný index; dĺžka stromu.

Metódy tvorby stromov; vyčerpávajúce hľadanie, heuristická analýza a ďalšie metódy; konsenzuálne stromy; bootstrap; konvencie.

Techniky parsimonickej analýzy pre veľké dátové súbory.

Alternatívne metódy rekonštrukcie evolučných stromov:

Metódy založené na vzdialenostiach, metóda spájania susedných objektov (neighbor-joining method).

Metóda najväčšej vieryhodnosti (maximum likelihood method), modely zmeny (evolúcie) sekvencií DNA, substitučné modely.

Bayesova analýza.

Anotace

Prednášky a cvičenia nadväzujú na predmet Multivariační metody v taxonomii (MB120P126). Cieľom prednášok je oboznámenie s teoretickými základmi a praktickým uplatnením kladistických metód ako aj ďalších alternatívnych metód rekonštrukcie fylogenézy.

Praktické cvičenia si kladú za cieľ oboznámiť študentov s počítačovými programami používanými v kladistike a iných metódach rekonštrukcie fylogenézy. Ide predovšetkým o programy PAUP, MrBayes, Modeltest a TNT.