1. Mikroskopické preparáty různé typy preparátů (trvalé, vitální, repliky) a jejich využití fixace, dehydratace zalévací média, infiltrace
2. Řezání rostlinných objektů v mikrotechnice mikrotomy (ruční, rotační, sáňkové, kryotom) nůž jeho údržba a použití příprava ručních řezů příprava parafínových řezů, nastavení mikrotomu "žehlení" řezů a jejich lepení na sklíčka
3. Barvení preparátů (princip a metodika) barviva (systém dělení, chemická povaha) vazba barviva na cílovou strukturu interpretace výsledků barvení vybrané barvící postupy
4. Základy světelné mikroskopie a mikrofotografie vysvětlení základních pojmů, složení mikroskopu seřízení mikroskopu (Köhlerův princip) údržba mikroskopu některé techniky světelné mikroskopie mikrofotografie.
5. Základní přehled histochemických metod v bot. mikrotechnice co je a není histochemická detekce kontrolní řezy, vliv předchozího ošetření (fixace) interpretace získaných výsledků vybrané postupy
6. Informace o možnostech editace a analýze obrazu digitalizace obrazu a jeho parametry editace digitálního obrazu (equalizace, filtrace,) analýze obrazu (binární obraz, prahování, extrakce dat, dostupný software)
Přednáška a praktické cvičení poskytuje základní přehled o metodách světelné mikroskopie, přípravě preparátů z rostlinných objektů, získávání a zpracování obrazových dat z mikroskopu a vybraných histochemických postupech. Sou částí kurzu je praktické cvičení zaměřené na osvojení základních dovedností a pochopení podstaty prováděných činností.