Sylabus
Pokud bude alespoň jeden nečesky mluvící posluchač, kurz bude přednášen anglicky/Taught in English, if non-Czech speaking students enrol.
1. Struktura biomolekul, strukturní databáze, vizualizace struktury, porovnání struktur, elektrostatika biomolekul / Structure of biomolecules, structural databases, structure visualization, structure comparison, electrostatics
2. Experimentální metody I - rentgenová krystalografie, nukleární magnetická rezonance / Experimental methods I - X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance
3. Experimentální metody II - elektronová mikroskopie (negativní barvení, cryo-EM), hmotnostní spektrometrie / Experimental methods II - electron microscopy (negative-stain, cryo-EM), mass spectrometry
4. Výpočetní metody I - predikce struktury proteinů, ligand-protein docking / Computational methods I - protein structure prediction, ligand-protein docking
5. Výpočetní metody II - simulace molekulové dynamiky / Computational methods II - molecular dynamics simulations
6. Studium proteinových komplexů, integrační strukturní biologie - Protein complexes, integrative structural biology
Anotace
Přednáška se zaměří na strukturními aspekty biomolekul a to proteinů, lipidů, sacharidů a nukleových kyselin.
Kurz podá základy metod experimentální a výpočetní strukturní biologie. Posluchači se seznámí s metodami rentgenové krystalografie, nukleární magnetické rezonance, elektronové mikroskopie a hmotnostní spektrometrie.
Výpočetní metody budou zahrnovat predikci struktur proteinů (homologní modelování, AlphaFold), simulace molekulové dynamiky a studium interakce malých molekul s proteiny metodami dockingu. Posluchači se také seznámí s metodami integrační strukturní biologie. Aplikace probíraných metod budou demonstrovány na vybraných kapitolách buněčné biologie.