Metody stanovení genové exprese

Sylabus

V teoretické části tohoto kurzu budou vysvětleny nejen základní principy prováděných metod, ale i jejich výhody a limitace. Studenti též budou seznámeni se správným plánováním vhodného uspořádání experimentů, s vyhodnocováním dat a interpretací výsledků.

Praktická část bude demonstrována především na modelovém reportérovém genu pod kontrolou inducibilního promotoru.

Úlohy: 1/ Příprava pracoviště, laboratorního skla, plastiku a elektroforetických tanků pro práci s RNA. Vysvětlení principů práce s RNA. Izolace celkové RNA, stanovení její koncentrace, analýza pomocí denaturační agarózové elektroforézy, odstranění kontaminující DNA, syntéza cDNA. 2/ Srovnání klasického RT PCR s qPCR, relativní a absolutní kvantifikace transkriptu. 3) Stanovení počtu genových kopií – qPCR (vyhodnocení dat).   4/ Western blot 5/ Měření aktivity luciferázy, zhodnocení růstových vlastností buněk s různou mírou aktivity inducibilního promotoru.

Anotace

Výuka kurzu Metody stanovení genové exprese se bude konat klasickou prezenční formou za dodržení všech platných nařízení v době konání praktického kurzu.

Kurz se skládá z teoretické a praktické části. Stěžejní část kurzu je věnována kvantitativnímu PCR a práci s RNA.

Nedílnou součástí cvičení je demonstrace použití nejčastějších metodických přístupů pro detekci a kvantifikaci jednotlivých fází genové exprese za použití jednoho modelového genu. Kurz je určen nejen pro magisterské studenty a doktorandy buněčné a molekulární biologie, ale je i vhodný pro další zájemce z široké škály dalších biologických oborů, kteří ve své práci potřebují stanovit genovou expresi. Kurz probíhá jako turnusové třídenní praktikum.