Sylabus
1) Kritická četba literatury, psaní/strukturování a "prodej" vlastního vědecké práce: - na co se zaměřit při čtení článku - úvod do správného strukturování a psaní vlastního abstraktu. - publikační/redakční proces - identifikace „knowledge gap” / psaní grantu - proces hodnocení grantu
2) Translační kontrola i. - historie a co nás učí - genialita minulosti, která dosud nebyla překonána!
3) Translační kontrola ii. - současnost a budoucnost - opravdu jsme se něco naučili? - nové pokroky ve výzkumu translační kontroly: "Dogma je mrtvé, ať žije dogma!" - úvod do (pro a proti) sekvenování translačních komplexů a dalších nejmodernějších technologií
4) CRISPr: - historie - rozdíly v typech CRISPR (výhody a nevýhody) - knock-down, -out, -ins - aktivace a inhibice genové exprese pomocí CRISPR - CRISPR a modifikace genomu - vizualizace genomu pomocí CRISPR - cílení do buněčných kompartmentů pomocí CRISPR
5) Síla tRNA a jejich fragmentů - kanonické versus nekanonické role tRNA a jejich fragmentů a jejich perspektivní využití v medicíně
6) RNA jako nástroj pro terapii - historie - výhody RNA terapie - typy RNA terapií - typy metod doručování RNA do buněk - budoucnost RNA terapie
7) circRNA a jejich metabolismus (nebo jiné ncRNA) - biogeneze (jak vznikají) - detekce - funkce - onemocnění
8) modifikace RNA - typy modifikací - funkce - detekce (m6A-seq, capture-seq, mass-spec, Nanopore DNA sekvenování) - readers, erasers - výzvy
9) degradace RNA - mechanismy - jak studovat degradaci RNA (metabolické značení in vivo, Akron-seq, PARE-seq, degradome-seq, TAIL-seq, SLAM-seq) - degronové systémy, siRNA
10) vizualizace RNA v buňce - FISH, molekulární „beacon“, FIT - vizualizační techniky - výhody a nevýhody - pro živé buňky (aptamery - na bázi proteinů, pár fluorofor-aptamér, barvivo a zhášeč)
11) Struktury RNA a RNP - funkce - metody pro určení struktury RNA (SHAPE-seq, DMS-seq, LIGR-seq). - výpočetní metody pro modelování sekundární struktury RNA (RNAfold, iFOLD, Ufold,...). - pokroky v experimentálním určování struktury RNA - RNP (domény, helikázy)
12) Ukázka "Journal club-u" - prezentace nejnovějšího zajímavého článku nebo dvou článků. - příprava na zkoušku - část A
13) Ukázka "procesu tvorby článku" - prezentace všeho, co byste měli znát, abyste mohli vytvořit svůj vlastní článek - příprava na zkoušku - část B
Anotace
Zatímco ústřední dogma molekulární biologie stále ještě nějak platí, mnohá další dogmata v oblasti genové exprese padají jako zralé hrušky ze stromu.
Skutečně, mnoho z toho, co se zdálo být nezpochybnitelnou pravdou, když jsme byli studenti jako vy, časem upadlo v zapomnění. Ale je to skutečně tak, že většina starých poznatků už prostě neplatí? Nebo je to částečně také záležitost onoho smutného ale velmi platného rčení: "publikuj, nebo zhyň", a honby za senzací ve vědě za každou cenu? Podívejme se na nové objevy v oblasti regulace genové exprese, na špičkovou metodologii, na to, jak padají stará dogmata a jak se objevují nová. Buďme však kritičtí, buďme interaktivní, učme se společně.
- přihlásit se do kurzu se VELMI doporučuje až po ukončení bakalářského programu.
- limit je 15 studentů ve třídě kontakty: Leoš Valášek (724731661; valasekl@biomed.cas.cz)
Adriana Roithová (739679009; adriana.roithova@biomed.cas.cz)