Sylabus
Genomika: Microarray - přehled technologií a použití. Masivně paralelní sekvenování - přehled technologií a použití, srovnání s microarray qPCR -principy metody, použití, data.
Proteomika: Hmotová spektrometrie: využití, přístrojové vybavení. Peptide fingerprinting: identifikace proteinů pomocí MS. Sekvenování prptidů pomocí MS. Identifikace posttranslačních modifikací. LC-MSMS. Large-scale proteomika, včetně značení stabilními izotopy a kvantitativní proteomické analýzy intaktních proteinů.
Bioinformatika: Úvod: biologové a bioinformatika. Definice oboru, využití. Současné problémy bioinformatiky: velikost dat, délka readů. Aplikace: Microarray: analýza, normalizace, design, datová úložiště a jejich využití. NGS: směry využití. Problémy.
Průtoková cytometrie: princip metody, různé technologie, použití. siRNA: princip použití siRNA, příklady použití včetně high-throughput skríningu
Produkce proteinů a jejich purifikace: různé varianty expresních systémů pro produkci proteinů. Aplikace, příklady, problémy
Vyučující: Vladimir Benes [benes@embl.de] - genomics http://www.embl.de/services/core_facilities/genecore/members/index.php?s_personId=147 Jeroen Krijgveld [jeroen.krijgsveld@embl.de] - proteomics http://www.embl.de/research/units/genome_biology/krijgsveld/index.html Jonathon Blake [blake@embl.de] - bioinformatics http://www.embl.de/services/core_facilities/genecore/index.html Andy Riddell [riddell@embl.de] - flow cytometry http://fccfweb.embl-heidelberg.de/fccfweb/index.php?option=com_contact&task=view&contact_id=1&Itemid=93 Beate Neumann [bneumann@embl.de] - systematic siRNA approaches http://www.embl.de/almf/almf_services/contact/neumann/ Tobias Rausch [rausch@embl.de] - bioinformatics http://www.embl.de/~rausch/ Hüseyin Besir [besir@embl.de] - protein expression and purification http://www.embl.de/services/core_facilities/pepcore/members/index.php?s_personId=CP-60003254
Anotace
Přednáška pokrývá všechny aktuální analýzy používané při sekvenování genomu, včetně vlastního experimentu, anotace a funkční analýzy.Vzhledem k tomu, že výkladu každé metody bude předcházet krátký úvod, je předchozí znalost molekulární biologie na úrovni dokončeného bakalářského studia dostatečná. Kurs je určen především pro studenty biologie a biochemie magisterského a doktorského studia.
Kurs probíhá ve spolupráci s Jihočeskou universitou v Českých Budějovicích. Vyučující patří mezi špičkové odborníky z European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg.
Teoretická část bude doplněna tutoriály zaměřenými na genomiku a proteomiku.