Sylabus
Co studenti na kurzu získají: i) základní porozumění metabolických modelů na genomové úrovni ii) porozumění převodu genomických a meta genomických dat do metabolických modelů iii) dovedodnosti k provádění zakladního metabolického modelování v jednom druhu i komunitách dovednosti k provádění simulací pro desihn mikrobiálních buněčných továren
Anotace
Metabolismus je fundamentální buněčný proces, který poskytuje molekulární stavební bloky po růst a udržbu života. Aby mohly buňky optimalizovat využití zdrojů a maximalizovat svou fitnes, musí umět odpovídat na genetické změny a změny přícházející z vnějšího prostředí za pomoci vysoce koordinované regulace metabolismu. Kurz nejprve představí základní principy operace a regulace metabolických sítí a poté pokryje novou oblast genomické úrovně metabolického modelování. Kurz ukáže jak spojit genomická data s mechanistickým modelováním na příkladech buněčných továren a mikrobiálních komunit.
Pokryté oblasti: architektura metabolických sítí, genomická úroveň metabolických modelů, flux balance analýza, složení buněčných továren, simulace metabolických interakcí v mikrobiálních komunitách.