Analytické metody v nádorové a populační genomice a transkriptomice

Sylabus

Pokryté oblasti: i)               základní alignment, indexace a grafové algoritmy, datové struktury ii)             nádorová genomika – čistota nádoru, ploidita a heterogenita iii)            bodové mutace a „variant calling“ iv)            vizualizace nádorově genomických charakteristik v)             přístupy ke „srovnávání“ čtení na referenční transkriptom nebo genom vi)            přístupy k identifikaci exprimovaných genů a izoforem přístupy k odhadu isoformové četnosti a diferenční exprese

Anotace

Kurz se skládá ze dvou částí. V první části představuje základní analytické metody a vypočetní přistupy pro efektivní analýzu celegenomových sekvenačních dat v kontextu resekvenačních experimentů u člověka.

V druhé části budou uvedeny základní přistupy k analýze transkriptomických dat. Velký důraz bude kladen na nádorovou genomiku a její omezení.

Kurz bude usilovat o zacelení mezery mezi počitačovou vědou a genetikou a bude pracovat s reaálnými příklady z oblasti resekvenování nádorů, vzácných chorob a populačně genomických studií.