Sylabus
V předkládaném kurzu se studenti nejprve seznámí po teoretické i praktické stránce se širokým spektrem experimentálních mikroskopických technik a také s celým mikroskopickým procesem – od připravy mikroskopů, integrace mikroskopu a softwaru, přípravy vzorku, zobrazení a následnou analýzou obrazu. V druhé části budou představeny základní a mirně pokročilé techniky analýzy obrazu a studenti budou řešit skutečné biologické problémy za použití open source softwaru jako je Fiji.
Ve výsledku studenti získají ucelený obrázek o analýze mikroskopického obrazu a snad se pro tuto slibnou oblast někteří i nadchnou natolik, že se pro ni rozhodnou ve své vědecké kariéře.
Anotace
Většina primárních dat v biologii pochází z mikroskopických obrázků. K získání smysluplných informací z mikroskopických dat je nezbytné použít výpočetní nástroje a to jednak k odstranění šumu a subjektivních chyb, tak vzhledem k množství a dostupnosti mikroskopických dat, které neumožňuje manuální inspekci a vyžaduje tvorbu automatických procesů pro analýzu dat.