Sylabus
Témata:1. týden Úvod do sekvenování jednotlivých buněk RNATýden
2. Úvod do R a bioconductorTýden
3. Kontrola kvality dat4. týden Normalizace velikosti knihovny5. týden Odstranění nežádoucích zmatků6. týden Clusterová analýza7. týden Výběr genu8. týden Analýza diferenciální expreseTýden
9. Inference trajektorie10. týden Meta-analýza11. týden Sekvenování čte kontrolu kvality12. týden Mapování scRNA čte na geny
Anotace
Základní počítačové dovednosti pro zpracování, vizualizaci a interpretaci jednobuněčných dat RNA-seq (scRNA-seq). Bude představeno základní programování R.
Pro ilustraci kroků zapojených do analýzy budou použity veřejně dostupné údaje o scRNA-seq z aktuálního biologického výzkumu.