Sylabus
1. Úvod do problematiky – tkáně a heterogenita, metody pro studium jednotlivých buněk, základní kroky analýzy, soecifika analýzy jednoltivých buněk. 2. Příprava jednotlivých buněk pro analýzu - metody sběru jednotlivých jednotlivých buněk, disociace tkání, kontrola kvality, nezbytné experimentální kontroly. 3. RT-qPCR (1/2) - analýza genové exprese tkání - představení techniky, detailní rozbor jednotlivých kroků (izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR), analýza data 4. RT-qPCR (2/2) - analýza genové exprese jednotlivých buněk - specifika techniky, analýza dat (metody redukce dimenzí, popisná statistika, statistické testy) 5. RNA-Seq (1/3) - analýza genové exprese tkání - představení techniky, možnosti analýzy 6. RNA-Seq (2/3) - analýza genové exprese jednotlivých buněk - techniky, přístrojové vybavení, získaní metriky popisující genovou expresi 7. RNA-Seq (3/3) - analýza genové exprese jednotlivých buněk - analýza dat 8. Jiné metody ke studiu jednotlivých buněk - proteomika, metabolomika, multiomika a další 9. Příklady sc studií – normální vývoj organismu, patologie buněk (rakovina, neurodegenerace, jiná onemocnění) 10. Shrnutí, představení budoucích trendů, výhody a nevýhody jednotlivých přístupů
Jeden den praktická ukázka v laboratoři.
Anotace
Analýza genové exprese jednotlivých buněk se za poslední dekádu stala jednou ze základních metod pro studium biologie. V předmětu Analýza genové exprese jednotlivých buněk se posluchač seznámí se základním koncemptem studia genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a s principy technik, které se pro tyto účely využívají, včetně úvodu do analýzy získaných dat.
Důraz bude kladen zejména na techniky reverzní transkripce kvantitativní PCR (RT-qPCR) a RNA-sekvenování.