Sylabus
* Témata přednášek:
1. Molekulární základy nemocí, biomolekulární terapeutické cíle, návrh a objevování léků (ML)
2. Struktura a dynamika biomolekulárních cílů (proteiny, nukleové kyseliny) (VV)
3. Metody strukturní biologie (rentgenová krystalografie, NMR, cryo-EM, AlphaFold) (VV)
4. Praktické cvičení: PDB databáze (VV, ML)
5. Biologicky aktivní látky, vlastnosti, nekovalentní a kovalentní interakce (JF)
6. Praktické cvičení: vizualizace proteinů a ligandů - PyMol (JF, ML)
7. Virtuální prohledávání knihoven látek, dokování, skórování (JF)
8. Praktické cvičení: Dokování - AceDock (JF, ML)
9. Molekulární mechanika a dynamika, výpočty vazebné volné energie (ML)
10. Návrh léků založený na ligandech - QSAR, ADMET, databáze (ML)
Anotace
Jednosemestrální praktický kurs (přednášky a cvičení) v angličtině je zaměřen na získání přehledu a praktických dovedností v používání výpočetních metod pro moderní návrh léčiv. Je s výhodou, pokud frekventanti tohoto kursu absolvovali přednášky o struktuře a funkci biomolekul, obecné chemii a použití počítačů k vědecké práci. Určeno pro studenty 1. a 2. ročníku navazujícího magisterského studia (příp. pro 3. ročník bakalářského studia) a pro postgraduální (Ph.D.) studenty včetně lékařských oborů.
V kurzu budou probírána následující témata: 1. Objevování nových biologicky aktivních látek 2. Struktura, dynamika a interakce v komplexech biomolekul s ligandy 3. Biologicky aktivní látky, jejich vlastnosti a interakce 4. Dokování, molekulová mechanika, dynamika, skórování 5. Návrh léků založený na ligandech