Jedná se o praktická cvičení sestávající z pěti bloků( Světelná mikroskopie, Speciální světelná a fluorescenční mikroskopie, Elektronová mikroskopie, Zpracování a analýza obrazu v mikroskopii , Pokročilá fluorescenční a elektronová mikroskopie) z nichž každý trvá 3-4 hodiny. Podmínkou udělení zápočtu je absolvování všech pěti bloků a odevzdání protokolů či splnění testů.
Na výuce se podílí mnoho pedagogů z různých kateder a konání jednotlivých bloků je podle časových možností učeben rozeseto po celém semestru.