Sylabus
1. Základy laboratorní práce Teoretická část: - bezpečnost, vážení/měření, zásady správného pipetování, představení základního laboratorního vybavení (centrifugy – vyvážení, RPM/g, flowbox, atd.), zásady sterilní práce Praktická část: - výpočty: převody jednotek, objemová koncentrace, molární koncentrace - příprava roztoků – ředění, úprava a měření pH - příprava růstových médií a ploten
2. Technika a barvení suchých nátěrů, manipulace s laboratorní myší Teoretická část: - parazitičtí prvoci přenášení hmyzem; použití laboratorních zvířat v parazitologii a mikrobiologii Praktická část: - krevní roztěr infekcí Trypanosoma brucei, Plasmodium berghei - tlustá kapka - diagnostika Plasmodium berghei - barvení suchých nátěrů metodou Giemsy-Romanowského, rychlé barvení Dade Diff-Quik - manipulace s laboratorní myší, nácvik IP inokulace
3. Klonování, kvantitativní práce s prvoky Teoretická část: - růst mikrobiálních kultur; růstová křivka, výpočet generační doby; metody klonování, colony-forming efficiency Praktická část: - práce s Burkerovou počítací komůrkou - výpočet množství buněk - manipulace s tekutými médii, nácvik pasážování kultur - izolace klonů metodou mezního ředění (Trichomonas vaginalis)
4. Kultivační techniky Teoretická část: - typy mikrobiálních kultur; složky kultivačních médií; postupy při kryoprezervaci prvoků Praktická část: - vyhodnocení klonovacího pokusu - axenizace prvoků, výroba migrační rourky - zmražovací techniky, kryoprezervace prvoků, demonstrace kryobanky
5. Koprologie Teoretická část: - zásady sběru materiálu, hygiena, pomůcky, kalibrace okuláru, přehled metod Praktická část: - koprologické vyšetření pomocí flotace, sedimentace, larvoskopie
6. ELISA Teoretická část: - princip, využití v diagnostice Praktická část: - test na přítomnost protilátek proti Toxoplasma gondii
7. Nukleové kyseliny I Teoretická část: - struktura DNA (párování bazí), princip izolace DNA pomocí silikátové kolony, princip izolace DNA/RNA pomocí TRIzol Reagent, kontrola integrity RNA Praktická část: - izolace DNA – silikátové kolony - precipitace DNA - stanovení koncentrace DNA
8. Nukleové kyseliny II Teoretická část: - princip PCR, modulace PCR (nested PCR, RT-PCR, q-PCR, multiplex PCR), princip Sangerovy sekvenace Praktická část: - příprava reakce PCR, nastavení thermo cycleru - gelová elektroforéza - extrakce DNA z gelu
9. Rekombinantní proteiny I Teoretická část: - princip exprese cizorodého proteinu v bakteríální buňce, princip proteinové elektroforézy SDS PAGE Praktická část: - kryoprezervace bakterií - elektroforetické stanovení proteinového profilu bakteriální kolonie pomocí – SDS PAGE (test solubility proteinu)
10. Rekombinantní proteiny II Teoretická část: - izolace rekombinantního proteinu za nativních a denaturujících podmínek, princip izolace proteinu značeného histidinovou kotvou Praktická část: - izolace rekombinantního proteinu pomocí afinitní chromatografie (His-Tag) - stanovení koncentrace rekombinantního proteinu
11. Hmotnostní spektrometrie, imunoblot Teoretická část: - využití hmotnostní spektrometrie při analýze biologických vzorků (diagnostika, identifikace rekombinantních proteinů, analýza proteomu), příprava vzorku na analýzu - imunoblot – diagnostické využití, identifikace rekombinantních proteinů Praktická část: - imunoblot – identifikace proteinu značeného histidinovou kotvou
Anotace
Praktikum má za cíl seznámit studenty se základy práce v laboratoři, dále pak se základními parazitologickým technikami zaměřenými na práci s kulturami prvoků a diagnostiku prvoků a helmintů. Obecnější část praktik je zaměřena na molekulární a biochemické metody s mezioborovým využitím, kde je kladen důraz na pochopení základních principů metod.