1. Úvod: Charakteristiky mikroorganismů. Základy fysiologie bakterií: metabolismus, růst.
2. Tok uhlíku akvatickými ekosystémy - role bakterií v jednotlivých situacích.
3. Geochemické cykly dusíku, fosforu a dalších elementů.
4. Metodologie vodní mikrobiologie: Počty a biomasa. Aktivita, růst a produkce. Taxonomie a determinační metody.
5. Funkce bakterií v jednotlivých typech akvatických ekosystémů: Jezera a nádrže. Tekoucí vody. Podzemní vody. Sedimenty a biofilmy. Umělé systémy. Řízená biodegradace.
6. Zdravotní a hygienické aspekty.
7. Osud allochtonních mikroorganismů v prostředí.
Přednáška navazuje na základní znalosti mikrobiologie. Seznamuje se základy fyziologie baktérií, specifiky vodního prostředí (geochemické cykly základních prvků, metodické přístupy), bakteriálními společenstvy a jejich funkcí v různých typech vodních ekosystémů, a dále zdravotními a hygienickými aspekty.