Sylabus
Lectures will be held on Mondays 9:00-10:30 am 2. 10. - Introduction, taxonomy, molecular characters, sekvencing of DNA (Hampl) 9. 10. - Alignment of sequences (Novotný) 16. 10. – Sequence databases and searches in them (Novotný) 23. 10. – Other methods of obtaining of molecular data – multilocus methods (RAPD, RFPL etc.), microsatelites, minisatelites, SINE elements, protein mass fingerprint (Hampl) 30. 10. - SNP, sequence evolution, calculation of genetic distances (Hampl) 6. 11. – Phylogenetic trees I. - Protein distances, reconstruction of phylogenetic trees from the distance matrix, anatomy of trees (Hampl) 13. 11. (absent the lecture will be substituted) - Phylogenetic trees II. Rate heterogeneity, search through the tree space, maximum parsimony (Hampl) 20. 11. - Phylogenetic trees III. - Maximum likelihood, Bayesian metod (Hampl) 27. 11. - Phylogenetic trees IV. - Multigene analyses, robustness of branching, rooting of trees, topology tests, molecular dating (Hampl) 4. 12. – Forensic genetics, DNA barcoding (Hampl) 11. 12. – Intraspecific phylogeny, population structure and gene flow, phylogeography, examples (Hampl) 18. 12. – Metabarcoding – methods of diversity analyses from environmental sequencing data (Hampl) 8. 1. – Presentation of student essays
Anotace
Cílem kurzu je seznámit posluchače se základními metodami a technikami molekulární fylogenetiky a s využitím molekulárně biologických dat v systematice a navazujících biologických oborech. Obsah: Specifika molekulárně biologických dat, jejich výhody a nevýhody.
Získávání molekulárně biologických dat pro účely systematiky (sekvenování, RFLP, RAPD, AFLP, alozymy, mikrosatelity, SSCP, reasociační analýza, imunologické metody, proteinový fingerprinting). Zpracovávání získaných dat - fenetické a kladistické přístupy, distanční a znaková data, metody výpočtu distancí na základě různých typů znakových dat, konstrukce dendrogramů.