1. Obecné charakteristiky vodního prostředí (fyzikální a chemické vlastnosti) ve vztahu k organismům, základní trofická a energetická struktura vodního ekosystému
2. Sladkovodní limnické ekosystémy - hluboká jezera: typické vlastnosti, sezónní cyklus, ekologie jezerních organismů, PEG model, vertikální migrace, geografický přehled světově významných jezer
3. Sladkovodní limnické ekosystémy - mělké trvalé vody (rybníky, slepá ramena, litorály apod.): typické vlastnosti a organismy, sezónní cyklus a životní strategie organismů, produkční využití, eutrofizace
4. Sladkovodní limnické ekosystémy - malé dočasné a periodické vody (záplavové tůně, vysychající lokality, louže, thelmy): typické vlastnosti a organismy, životní strategie organismů (diapauza, šíření, metapopulační koncept)
5. Sladkovodní limnické ekosystémy - vyhraněné vodní ekosystémy (řašelinné vody, horké prameny, podzemní a jeskynní voda, sníh a led): výjimečnost habitatů, typické organismy a jejich adaptace.
6. Sladkovodní lotické ekosystémy - toky (prameniště, potoky, řeky, údolní nádrže): Koncept říční krajiny, základní odlišnosti od stojatých vod (hydrologie, koncept říčního kontinua), specifika údolních nádrží. Geografický přehled světově nejvýznamnějších.
7. Sladkovodní lotické ekosystémy - toky: přehled organismů, adaptace k životu v proudu, životní strategie.
8. Mořské ekosystémy - úvod do mořského prostředí (specifika mořské vody, členění a základní útvary mořského dna, typy mořského prostředí - terminologie, srovnání s jezerními ekosystémy)
9. Mořské ekosystémy - otevřená moře (základní skupiny planktonních organismů, produkční vztahy, dynamika produkce v různých zeměpisných šířkách; nekton v epipelagiálu)
10. Mořské ekosystémy - mělkovodní bentické prostředí (pobřeží a kontinentální šelf): skalnatá, písčitá a bahnitá dna, přílivová zóna
11. Mořské ekosystémy - specifická tropická mělkovodní společenstva: kor álové útesy, mangrovy (geografické rozšíření, stavba, základní skupiny organismů, vztahy)
12. Mořské ekosystémy - specifická mělkovodní společentva mírného pásu: chaluhové lesy, společenstva evropských pobřeží; brakické a hypersalinní vody
13. Mořské ekosystémy - hlubokomořská společenstva (pelagické hlubokomořské organismy, hlubokomořský bentos, společenstva závislá na chemosyntéze - hydrotermální vývěry, hypersalinní průsaky, výrony uhlovodíků apod.) Exkurse: k zápočtu potřeba účast na (nejméně) dvou z několika nabízených. Exkurse jsou celodenní, obvykle 1 x tekoucí voda (potok), 1 x stojaté vody (tůně a ramena), 1 x kombinovanaá (rybník a říčka). počet nabízených exkursí operativně měníme (zvyšujeme) dle počtu zapsaných studentů.
Přednáška podává ucelený přehled sladkovodních a mořských vodních ekosystémů, s akcentem na seznámení se základní funkční strukturou, klíčovými skupinami organismů a dominantními abiotickými a biotickými interakcemi. Do přednášky je zahrnut i základní geografický přehled výskytu probíraných ekosystémů.
Přednáška je doprovázena několika jednodenními exkursemi věnovaných demonstraci základních typů sladkovodních stanovišť.
Předmět lze absolvovat i v prvním ročníku bez speciální předchozí přípravy, avšak základní ekologické znalosti jsou výhodou.