Sylabus
1. Úvod do práce s evolučními daty (evoluce v molekulárních, geografických a funkčních datech, přehled databází s relevantními evolučními daty, koncepce a metody k rekonstrukci fylogeneze, sestavování a editace fylogenetických stromů pro další analýzy v R, sestavovaní supertrees and consensus trees, časová kalibrace stromu v R) (MRBAYES, BEAST, FIGTREE, R) Literatura k hodině: Felsenstein 2003, Donoghue and Benton 2007. 2. Evoluce životních strategií, fenotypu a trade-offs (modelování evoluce znaku, ancestrální rekonstrukce, koevoluce znaku, rychlost morfologické a nikové evoluce, fylogeneticky signál, nikový konzervatismus, evoluce v mnohorozměrném prostoru) (APE, GEIGER) Literatura k hodině: Wiens and Donoghue 2004, Felsenstein 1985. 3.
Evoluce ekologických společenstev (druhová a fylogenetická diverzita, community phylogenetics, overdisperze a klastrování na fylogenetické a fenotypové rovině společenstva, vymezení species poolů, nulové modely, odhalování kompetice na základě fylogenetické struktury společenstva) (PHYLOCOM, PICANTE) Literatura k hodině: Webb et al. 2000, Cavender-Barres et al. 2004. 4. Evoluce v geografickém kontextu (biogeografie, makroekologie) (historická biogeografie, rekonstrukce disperzní historie, modely kolonizace a geografického šíření, evoluce v ostrovní biogeografii) (BIOGEOBEARS, LAGRANGE, DIVA) Literatura k hodině: Mittelbach et al. 2007, Schluter and Pennell 2017. 5.
Evoluce druhů a vyšších taxonů (vznik druhů, diverzifikace) (genetická a ekologická speciace, extinkce, studium a příčiny masového vymírání, odhady diverzifikace na základě molekulárních fylogenezí, ekologie vzniku a zániku druhů, state-dependent modely diverzifikace) (BAMM, REVBAYES, LASER) Literatura k hodině: Benton and Emerson 2007, Rabosky and Glor 2010.
Anotace
Hlavním cílem kurzu je rozvíjet a zostřovat evoluční uvažování, prostřednictvím řešení koncepčních problémů s využitím konkrétních metod a příkladů. Příklady a metodika se opírají o statistické přístupy (fylogenetické komparativní metody, diverzifikační analýzy, ancestrální rekonstrukce, GIS) široce používané ke studiu klíčových otázek evoluce a ekologie (ekologie společenstev, evoluce životních strategií biogeografie, makroevoluce). Studenti se tak během kurzu naučí vymezit koncepční evoluční problém, navrhnout vhodnou metodu nebo kombinaci metod k jeho řešení, a následně jej prostřednictvím navržené metodiky konkrétně vyřešit s využitím obecně používaného softwaru, především R. Kurz sestává z pěti tematických celků, které se vzájemně doplňují: (1) Úvod do práce s evolučními daty, (2) Evoluce life-history, (3) Evoluce společenstev, (4) Evoluce v geografickém kontextu (5) Evoluce druhů a vyšších taxonů. Kurz nemá žádné pre-rekvizity. Nicméně předpokládá znalosti evoluce a ekologie na bakalářské úrovni. Předběžná znalost R zvýší přínos kurzu, ale není nutná k jeho úspěšnému absolvování. Kurz je zaměřený tak, aby poskytl co nejužitečnější praktické základy k řešení konkrétních evolučních problémů, objevujících se příkladně v rámci diplomových a dizertačních prací.