Sylabus
PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI.
Úvod do proteomiky. Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny , peptidy a jejich vlastnosti, pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody - chromatografické a elektroforetické. Specifika příparvy vzorku v proteomice, digesce vzorku na peptidy, proteázy a chemické štěpení, čištěn í a separace peptidů. HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE PROTEINŮ.
Hmotnostní spektrometrie. Instrumentace a principy. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, typy ionizace , analyzátory, detektory, citlivost, rozlišení. Principy identifikace peptidů a proteinů, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze. Bottom-up a Top-down analýza. Analýza posttranslačních modifikací.
SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTIFIKACE PROTEINŮ.
LC-MS/MS. Data-dependent analýza versus data-independent analýza. Label-free kvantifikace a cílené kvantitativní metody. Metody založené na značení stabilními izotopy. TMT, iTRAQ, SILAC, dimetylace, Design experimentu, zpracování data bioinformatické možnosti.
SPECIÁLNÍ METODY.
Proteomická analýza membránových proteinů. Studium proteinových komplexů a imunoprecipitace. Klinická proteomika, biomarkery, tělní tekutinym a specifika práce s lidským biologickým materiálem, Single-cell proteomika
Anotace
Přednáška je vhodná pro pokročilé studenty molekulární biologie a genetiky, buněčné a vývojové biologie, parazitologie, zoologie, ale i dalších oborů. Seznamuje studenty se současnými metodami kvantitativní a kvalitativní proteomické analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie.
Pro rok 2023/2024 byla přednáška inovována a rozšířena tak, aby zahrnovala i nejnovější trendy v oboru a pokryla celou problematiku od zpracování biologického vzorku po vyhodnocení dat a specifika práce v biomedicíně. Přednášejí čtyři zkušení odborníci: Jiří Petrák, Petr Man, Karel Harant a Pavel Talacko.