1. Základní termíny a koncepce 2. Znaky, jejich vážení a polarizace. 2.1. Metody "a prirori" a "a posteriori". 2.2.
Homologie a homoplasie. 2.3. Plesiomorfie a apomorfie. 2.4.
Mimoskupinové srovnání. 2.5. Kódování znaků 3. Taxony 3.1.
Monofylum, parafyletické a polyfyletické taxony. 3.2. Druhy a struktura monofyla. 3.3.
Fenetická, eklektická a fylogenetická klasifikace, transformovaná kladistika. 4. Kladogrmy a jejich sestavování. 4.1. Dendrogramy, jejich druhy a komponenty. 5. Molekulární fylogenetika 6. Fylogenetické hypotesy a klasifikace 7. Problematika druhu v zoologii 7.1.
Základní koncepce živočišného druhu 7.2. Speciální situace (uniparentální druhy, klepton, synklepton). 7.3.
Kryptické druhy, superspecies, semispecies 7.4. Infraspecifické taxony (subspecie, natio, aberace, morpha, varieta) 7.5.
Hybridní zóny 8. Vnitrodruhová variabilita, její druhy a příčiny. 9. Práce s zoologickou literaturou. 9.1. Knihovny a referující časopisy, bibliografie. 9.2.
Citace, transkripce, transliterace, běžně užívané latinské zkratky. 9.3. Impact, Science citation index. 10. Příprava publikace pro tisk 10.1.Kategorie vědeckých publikací. 10.2.Jednotlivé součásti původní vědecké práce a způsob jejich přípravy. 11. Zoologická nomenklatura. 12. Geografické nástroje v zoologii (síťové mapy, gazettery, GPS, GIS, atd.)
Předmět se zabývá základními teoretickými přístupy a metodami srovnávací biologie, taxonomie a fylogeneze ve vztahu k klasifikaci a druhy z pohledu fylogenetické systematiky. Povinné pro obor Zoologie.
Dříve pod názvem Teoretické základy fylogenetiky a taxonomie živočichů.