Sylabus
1 Introduction, DNA isolation, PCR and DNA sequencing, basics in sequence data handling (lecturer Zuzana Starostová)2 Next generation sequencing – introduction, short-read and long-read sequencing methods, assemblies (lecturer Radka Reifová)3 How to read and make phylogenetic trees (lecturer Zuzana Starostová)4 Use of molecular phylogetics in zoology (lecturer Zuzana Starostová)5 Molecular phylogeography (lecturer Pavel Hulva)6 Microsatellites and molecular identification of species, individuals and sex (lecturer Pavel Munclinger)7 Population structure and paternity studies (lecturer Pavel Munclinger)8 Next generation sequencing – applications: whole genome sequecing, exome sequencing, ddRAD sequencing, metagenomics (lecturer Radka Reifová)9 Gene expression – quantitative PCR, expression microarrays, transcriptome sequencing and analysis, epigenomics (lecturer Radka Reifová)10 Functional genetic variability: From SNP to selection (lecturer Michal Vinkler)11 Cytogenetic methods and their application in zoology (lecturer František Šťáhlavský)
Anotace
Molekulární markery a použití sofistikovaných cytogenetických technik otevřely nový pohled, pomocí kterého lze prohlížet přírodní biologický svět. Cílem tohoto kurzu je seznámit studenty se základními a pokročilými aplikacemi těchto genetických markerů v
řešení úkolů současné zoologie (např. biologie populace, vývoj organismu, fylogeneze nebo fylogeografie). Budeme představovat různé laboratorní techniky pro odhalování molekulárních markerů, jakož i několik cytogenetických technik a dokumentovat jejich použití v zajímavých zoologických případových studiích. Pokryjeme oblasti od hodnocení genetiky rodičovství a příbuzenství v posledních generacích k fylogenetickým hodnocením v živočišném stromě života, jakož i studium ekologie a životní historie druhů. Ukážeme příklady od studií jednotlivých genů po genomický přístup. Kurz zahrnuje také dvě půldenní praktická cvičení.
První přednáška kurzu je plánována na 14.2.2023, 13:10 (B312). Studijní materiály budou také na webové stránce: https://zuzanastarostova.webnode.cz/news/molecular-applications-in-zoology/.