Sylabus
1. Fyzikálně-chemické vlastnosti DNA/RNA: extrakce, denaturace, absorbance
2. Fluorescence v genomické analýze: interkalace, FRET, quenching, kvantové tečky (teorie, aplikace)3. Separace DNA/RNA: elektromigrační separace (gelová, kapilární a mikročipová elektroforéza, teorie a aplikace), Chromatografie (iontová, reverzní a iontově-párová HPLC)4. Enzymatické metody v analýze DNA/RNA: Enzymy (polymerázy, restriktázy, ligázy)5. PCR metodiky: obecné principy, optimalizace, modifikace, real-time PCR (Ct, kvantifikace, kalibrace), digital PCR, emulzní a bridge PCR6. DNA sekvenování I. - Sangerova metoda: ireverzibilní terminátory, elektroforetická separace fragmentů7. DNA sekvenování II. - NGS: 454/Roche pyrosekvenování, Solexa/Illumina sekvenování (reverzibilní terminátory), Ion Torrent/Thermo (polovodičové sekvenování)8. DNA sekvenování III. - nové trendy: nanoporové sekvenování (PacBio, Oxford), sekvenace pomocí expanze (Stratos/Roche)9. DNA sekvenování IV. - sekvenační postupy (geno(mové) knihovny, klonální amplifikace, kvalita sekvenace, pokrytí), přístrojová technika, patenty10. DNA mutace a mutační analýza: Klasifikace mutací, typy a klinické aplikace11. DNA fragmentační analýza: Fingerprinting, STR markery (genetická identita a určování otcovství), prenatální diagnostika, MSI, LOH12. DNA methylační analýza: epigenetika, bisulfitová konverze, nové přístupy a aplikace13. Genomická analýza v molekulární onkologii I.: vznik a průběh nádorových onemocnění, epidemiologie, diagnostika, stádia (staging), léčebné modality, predikce, prognóza
Anotace
Genomická analýza v klinické praxi podává ucelený průřez principy metodiky a instrumentace používanými pro analýzu lidského genomu v medicíně. Hlavní důraz je kladen na pochopení teoretických základů a praktického využití metod v rutinní praxi.