Sylabus
Studenti vypracují vždy jednu úlohu z následujících okruhů úloh: 1. Izolace proteinu s enzymovou aktivitou a stanovení specifické aktivity 2.
Gelová chromatografie 3. Separace proteinů elektroforézou v polyakrylamidovém gelu v prostředí SDS a stanovení relativní molekulové hmotnosti těchto proteinů 4.
Sledování afinity enzymu k substrátu - určení Michaelisovy konstanty a maximální rychlosti reakce 5 Určení pH optima, sledování vlivu inhibitorů a aktivátorů na aktivitu enzymu, časový průběh enzymové reakce, detekce enzymové aktivity v polyakrylamidovém gelu 6. Práce s DNA: Hledání pachatele trestného činu. 7. Ústní prezentace teorie a výsledků jedné úlohy.
Anotace
Toto praktikum je určeno pro studenty II. ročníku bakalářského studia biochemie a chemie v přírodních vědách.
Praktikum zajišťují: Daniel Kavan, Veronika Hýsková, Josef Chmelík, Kateřina Bělonožníková a Jan Fiala
Studenti se seznámí se základními biochemickými metodami používanými při izolaci proteinů a nukleových kyselin. Provádí extrakci proteinů z přírodních materiálů, centrifugaci, vysolování, dialýzu, lyofilizaci... Další metodou, která má široké uplatnění v biochemii, je gelová chromatografie, studenti separují protein ze směsi nebo stanoví relativní molekulovou hmotnost neznámého proteinu. Separace proteinů a stanovení relativní molekulové hmotnosti se provádí rovněž elektroforézou v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti SDS. Velká pozornost je věnována zásadám práce s enzymy: stanovení specifické aktivity enzymu, zjištění afinity enzymu k substrátu, stanovení maximální rychlosti reakce, pH optima, sledování časového průběhu reakce a vliv inhibitorů a aktivátorů na enzymovou reakci. Přítomnost izoenzymů je demonstrována na příkladu laktátdehydrogenasy, kterou studenti separují v polyakrylamidovém gelu za nativních podmínek a detekují enzymovou aktivitu v gelu. Součástí praktika jsou ústní závěrečné prezentace a diskuse týkající se dosažených výsledků.
Všechny úlohy jsou koncipovány tak, aby je bylo možno experimentálně provést a vyhodnotit v časové dotaci 6 (vyučovacích) hodin. V případě potřeby je pedagogický dozor ochoten věnovat se studentům i nad rámec rozvrhované dotace. Pro klidné provedení všech úloh je dobré si pro praktikum vyhradit dostatek času. Všechny paralelky praktika budou začínat v 8:30.