Internet a bioinformatika

Sylabus

- vizualizace biomolekul pomocí programu PyMol

- proteinové a DNA databáze (Uniprot, GenBank, aj.)

- základní bioinformatické nástroje (BLAST, porovnání DNA a proteinových sekvencí v programuJalview)

- strukturní databáze (Protein Data Bank)

- kreslení chemických struktur v programu ChemSketch

- bibliografické databáze (PubMed, Web of Science, aj.) a citační manažer Zotero

Anotace

Předmět je vyučován v zimním semestru v angličtině a v letním semestru v češtině!

Předmětem tohoto praktického kurzu jsou internetové databáze a výpočetní nástroje, které jsou užitečné pro biochemiky. První část kurzu zahrnuje práci s programem PyMol, který je určen pro strukturní analýzu biomolekul. Ve druhé části budou představeny nejdůležitější proteinové a DNA databáze spolu se základními nástroji bioinformatiky, jako je porovnávání proteinových a DNA databází, hledání příbuzných proteinů a detekce klíčových aminokyselin pro funkci proteinů, aj. Součástí výuky je také práce s programem ChemSketch, který je určen pro kreslení chemických struktur. Na závěr budou představeny nejdůležitější bibliografické databáze a správce citací Zotero.

Výuka kurzu probíhá v počítačové učebně, a proto je kapacita kurzu omezena.