Sylabus
1. Základy struktury proteinů (strukturní motivy, folding, vztah struktury a funkce, metody určování trojrozměrné struktury, využití strukturní informace, proteinová databaze )
2. Úvod do rentgenové krystalografie (historie, princip metody a fáze určování struktury makromolekul, zdroje a příprava makromolekul pro rentgenovou krystalografii)
3. Krystaly makromolekul, jejich vlastnosti a příprava (teorie krystalu, symetrie, prostorové grupy, princip a metody krystalizace makromolekul)
4. Teorie difrakce (Braggova podmínka difrakce, Evaldova konstrukce, strukturní faktor)
5. Sběr difrakčních dat (zdroje rentgenového záření, detektory, příprava krystalu pro sběr dat, snímán í dat za nízkých teplot, metody a strategie, zpracování difrakčních dat, počítačové programy)
6. Řešení 3D struktury, fázový problém (teorie fázového problému v proteinové krystalografii, metody získání fází)
7. Výstavba modelu, upřesňování a hodnocení kvality modelu (mapy elektronových hustot a jejich interpretace, kontrola stereochemické kvality modelu)
8. Praktická ukázka krystalografického pracoviště ( exkurze do laboratoře proteinové krystalografie na odd. Genových manipulací Ústavu molekulární genetiky, ukázka proteinových krystalů, snímání a zpracování difrakčních dat a výstavby modelu na grafické stanici)
9. Základní pojmy NMR spektroskopie (podstata jevu, vznik signálu a jeho zpracování NMR parametry, základní pulsní sekvence, spinové echo, přenos polarizace...)
10. Metody vícerozměrné NMR spektroskopie (homonukleární versus heteronukleární korelační experimenty, klasická versus obrácená detekce, spin-lock)
11. NMR spektroskopie biologicky aktivních systémů (struktura a dynamika proteinů, oligonukleotidů a sacharidů, výpočetní metody pro zpracování experimentálních údajů)
12. Využití NMR spektroskopie při zkoumání nevazebných interakcí mezi molekulami (metody studia komplexů a komplexačních vlastností různých druhů látek).
Anotace
Přednáška seznámí studenty magisterského a doktorandského studia se základy trojrozměrné struktury proteinů a nukleových kyselin a blíže představí dvě nejpoužívanější metody určení 3D struktury: rentgenovou krystalografii a nukleární magnetickou rezonanci (NMR). Přednášku doplní i praktická ukázka pracovišť využívajících tyto metody.