Zpracování a správa biologických dat

Sylabus

Základy exploratorní analýzyÚvod do zobrazovacích technik v Pythonu (Jupyter notebook)Principal Component Analysis (PCA)Fittování, odšumování, signal-to-noise ratioDesign experimentu s ohledem na statistickou významnostTechnické zajištěníOdhad předpokládané produkce dat, overview hardwaruMetadata a dokumentace, zdůvodnění, verzováníStandardní formáty, cs/eng language a decimal pointTroubleshooting na online fórech – jak se ptát, kde se ptátGithubSpecifické přístupy k různým druhům datGenomická data, formáty, specifika zpracováníStrukturní data, formáty, specifika zpracováníMD data, formáty, specifika zpracování

Anotace

Kurz Zpracování a správa biologických dat je motivován zejména rostoucím množstvím produkovaných dat z biologického výzkumu a rostoucí nutností spolupráce experimentálních pracovníků s bioinformatiky a datovými analytiky. Je zamýšlen jako základní kurz práce s biologickými daty především pro experimentalisty. Absolvent kurzu bude schopen udržitelně spravovat a sdílet vyprodukovaná biologická data a bude rozumět důležitosti korektní správy dat.

Dále bude schopen provádět základní exploratorní analýzu pomocí Pythonu, konkrétně Jupyter Notebook.