Sylabus
1. Klasická vs. kvantová reprezentace chemických vazeb a konformací.
2. Používání Unixu a MS Windows, aplety, programy, príkazy. • Základní koncepty molekulového modelování. • Informacní zdroje týkající se molekulového modelování. • Reprezentace molekulových modelu. • Prohlížení a manipulace s modely.
3. Interní souradnice peptidu, nukleotidu, uhlovodíku, atd.
4. Syntaxe softwaru pro molekulové modelování (CHARMm). Soubory s topologiemi a parametry empirického potenciálu. Príklad vystavení malého peptidu (enkephalin).
5. Minimalizace energie, analýza normálních módu, adiabatické mapování a relaxované mapy energie.
6. Tvorba molekulových modelu. Polymery z monomeru. Patch soubory.
7. Parametrizace empirických potenciálu. Efekt solventu a potential of mean force. Kompaktní reprezentace vcetne rozšírených (extended) atomu.
8. Centrální zdroje makromolekulárních struktur. Proteinová databanka (PDB).
9. Problém elektrostatických sil v biomolekulách. Cutoff. Vliv vodného prostredí. Ewaldova sumace.
10. Prohledávání konformacního prostoru. Príklad metody náhodného prohledávání. Metody Monte Carlo a Metropolisuv algoritmus. Umbrella sampling.
11. Molekulová dynamika, trajektorie. Celková, potenciální a volná energie.
12. Molekulová mechanika a interpretace experimentálních dat. Krystalografie, nukleární magnetická rezonance.
13. Úvod do sekvenční analýzy • Evolutionary Tracing
14. Homologní Modelování - Mapování sekvencí na strukturní modely. - Nahrazování postranních řetezců. - Re-packing postranních řetezců. - Validace a vylepšování modelu.
14. Molekulární mutageneze a výpočty volné energie (free energy calculations).