Sylabus
1. Statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém.
2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály.
3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet, Leap-frog atp.
4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru.
5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace, simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku.
6. Metody vizualizace a analýzy výsledků.
7. Příklady využiti simulací molekulové dynamiky a Monte Carlo pro praktické problémy v biofyzice, chemii a fyzice povrchů atp. V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací.
Anotace
Úvod do metod molekulové dynamiky a Monte Carlo pro simulace molekulových systémů. Vhodné zejména pro magisterské studenty a doktorandy PřF UK a MFF UK.
Pro Erasmus možná výuka v angličtině.