V rámci diplomového projektu, který je nosnou studijní povinností navazujícího magisterského studia, student zpracovává zadané téma. Práce může být terénním výzkumem, experimentální pokusem v laboratoři, případně další odborné aktivity (přístupy běžné v environmentálních vědách).
Student se se seznamuje s tématem, s metodami, které jsou pro daný typ výzkumu specifické učí se také konfrontovat použité metody a získané výsledky s dostupnými literárními údaji. Proto je součástí diplomového projektu rovněž literární rešerše vedoucí k upřesnění tématu práce i výběru nejvhodnějších metodických postupů.
V průběhu diplomového projektu student pravidelně konzultuje získané výsledky se školitelem.