Mikrobiální procesy v životním prostředí

Anotace

Mikroorganismy v přirozeném prostředí

Fyziologie mikroorganismů ve vztahu k životnímu prostředí. Specifika hlavních skupin mikroorganismů: bakterie, houby,

řasy, protozoa.

Diverzita mikroorganismů a její význam

Taxonomická a funkční diverzita. Speciace mikroorganismů. Význam diverzity pro fungování ekologických procesů.

Ekologie mikroorganismů

Interakce mikroorganismů s prostředím. Vlivy prostředí na mikroorganismy. Interakce a kompetice mezi mikroorganismy a dalšími organismy v prostředí.

Mikrobiální procesy přeměny živin a energie

Transformace organických látek a látkový metabolismus. Rozklad vysokomolekulárních organických látek. Oxidačně / redukční procesy při přeměně organických látek. Mikrobiální procesy v cyklech uhlíku, dusíku, fosforu a síry. Význam mikrobiálních procesů v geobiochemických cyklech prvků.

Mikrobiální biogeochemie

Ovlivnění abiotického prostředí mikroorganismy ? chemické a fyzikální změny prostředí v důsledku mikrobiální aktivity, geomikrobiologie.

Mikrobiální procesy ve vybraných ekosystémech

Mikrobiální procesy v hlavních habitatech: půda, sladká voda, mořská voda, terestriální biomy. Význam jednotlivých skupin mikroorganismů ve vybraných habitatech.

Mikroorganismy v extrémních podmínkách

Mikroorganismy v extrémních prostředích: hlubokomořské ekosystémy, horké prameny, polární oblasti. Mikroorganismy v ekosystémech s antropogenní zátěží. Mechanismy adaptace mikroorganismů na stress.

Interakce mikroorganismů s rostlinami a živočichy

Symbióza a kompetice mikro- a makroorganismů. Funkce lišejníků, mykorrhizy, patogenní mikroorganismy v prostředí.

Mikroorganismy v ochraně životního prostředí a funkční stability ekosystému

Využití mikroorganismů v ochraně životního prostředí, bioindikace, přirozená atenuace, rekultivace, biodegradace, sanace antropogenního znečitění.

Metody studia mikrobiálních procesů - biochemické a fyziologické metody

Detekce a kvantifikace životních projevů mikroorganismů. Respirometrie, stanovení metabolických schopností a metabolické diversity. Charakteristika mikrobiálních společenstev na základě markerových molekul. Nepřímá detekce specifických skupin mikroorganismů. Obohacení a isolace mikroorganismů z prostředí.

Metody studia mikrobiálních procesů ? molekulární metody

Využití metod založených na studiu nukleových kyselin pro analýzu procesů v životním prostředí. Detekce a kvantifikace aktivní populace mikroorganismů. Specifické značení metabolicky aktivních mikroorganismů. Analýza transkriptomu a proteomu.