Syllabus
Úvod do základů metod výpočetní chemie Povrchy potenciální energie Metody empirických potenciálů, silová pole, polarizovatelné potenciály Metoda Molekulové Mechaniky - cvičení Metoda Monte Carlo Docking, Flexible Docking Molekulová dynamika, Quenching, Simulated annealing - cvičení Metoda Ewaldovy sumace, PME, LES Pokročilé metody odvozené od molekulové dynamiky, Free energy perturbation - cvičení Metody výpočtu volných energií PROFEC, Chemické Monte Carlo/ MD, MM/PBSA Metoda DFTB + r6 Metody QM/MM, Embeding Počítačové kódy Aplikace na biomolekuly, Drug design, Protein Folding Aplikace na komplexní molekulární systémy Molekulová grafika a vizualizace výsledků Metody 3D stereo vizualizace, rendering - cvičení
Annotation
Application of methods of computational chemistry to biomacromolecules (primarily nucleic acids and proteins) and molecular complexes. Determination of structure and thermodynamic characteristics by computational techniques.
Drug design. Applucation of 3D computer graphics.