Sylabus
1. Použití základních teoretických a výpočetních metod ve spektroskopických simulacích.
2. Ukázky grafických a výpočetních programů (stavba molekul, optimalizace geometrie, spektroskopické parametry).
3. Struktura a flexibilita molekul, jejich projevy ve spektroskopii, možnosti molekulové mechaniky a dynamiky (silové pole, harmonická aproximace, kombinace klasické a kvantové mechaniky) .
4. Elektromagnetické vlastnosti molekul a spektrální parametry (shielding, absorpce a rozptyl světla, Ramanův rozptyl, Maxwellovy rovnice, dipólový rozvoj, parciální náboje).
5. NMR veličiny a jejich výpočty (chemický posuv, nukleární Overhauserův jev, spin-spinové interakce, EPR, korelace se strukturou).
6. Určení struktury molekul pomocí spektroskopických parametrů.
7. Druhy rozptylu, interakce světla s molekulou a jednotlivé druhy spektroskopických technik (Ramanův rozptyl, infračervená a UV-VIS absorpční spektroskopie).
8. Chiralita molekul a optická aktivita (vibrační a elektronový cirkulární dichroismus, Ramanova optická aktivita)
9. Příklady analýzy sekundární struktury peptidů a nukleových kyselin pomocí vibrační spektroskopie.
10. Kvantování elektromagnetického pole, relativistické efekty a další teoretické aspekty spektroskopických simulací, jedno- a dvoufotonové spektroskopie.
Anotace
Přednáška doplněná o praktická cvičení poskytne posluchačům hlubší náhled do současných metod nukleární magnetické rezonance, vibrační a elektronové spektroskopie. Mimo teorie se posluchači během kurzu seznámí také s aplikacemi v biochemii a strukturní biologii, např. si sami budou moci ověřit korelaci experimentálních dat s molekulární strukturou a její flexibilitou.