Sylabus
● Numerické propagátory v MD odvozené z Liouvillova operátoru
● Termostaty and barostaty, simulace v NVT a NpT souborech
● Molekulární interakce a jejich numerické vyhodnocení
● Statické vlastnosti z molekulární dynamiky, souvislost s termodynamikou, odhad chyb
● Přenos energie v MD simulacích, lokální a globální termostaty
● Výpočet dynamických vlastnosti z časových korelačních funkcí
● Systémy s vazbami (constraints, restraints)
● Vnější potenciály a nerovnovážné simulace
Anotace
Molekulární dynamika se stala mocným nástrojem moderní fyziky a chemie, který je nepostradatelný pro naše pochopení komplexních molekulárních systémů a kondenzované fáze obecně. Tato přednáška představuje metodiku molekulární dynamiky s důrazem na její základy v klasické mechanice a statistické mechanice. Cvičení nabízí příležitost obsah přednášek ihned aplikovat v praktických výpočtech.
Přednáška je vhodná pro studenty Mgr. a Ph.D. programů, kteří ovládají klasickou mechaniku a základy statistické mechaniky. “Molekulární dynamika II” je pokračováním této přednášky.